Theo "Thiền Uyển tập anh", Lý Quốc Sư Nguyễn Minh Không tên húy là Nguyễn Chí Thành (阮志誠) sinh tại làng Đàm Xá, phủ Tràng An (nay là làng Điền Xá, xã Gia Thắng, Gia Viễn, Ninh Bình). Theo một số tài liệu, ông còn có đạo hiệu Không Lộ, từng tu ở chùa Không Lộ (Nam Định) và được thờ ở núi Không Lộ (chùa Thầy ngày nay).

Cha của thánh Nguyễn là ông Nguyễn Sùng, quê ở làng Điềm Xá, phủ Tràng An. Mẹ ông là bà Dương Thị Mỹ, quê ở Phả Lại, phủ Từ Sơn nay là làng Phả Lại, xã Đức Long, Quế Võ, Bắc Ninh (nơi giáp với phường Phả Lại, thị xã Chí Linh, Hải Dương). Vợ chồng ông Nguyễn Sùng tuy nghèo nhưng luôn chăm lo làm việc thiện. Hai ông bà sinh hạ được một người con trai khôi ngô, tuấn tú, đặt tên là Nguyễn Chí Thành.[5]

Cha mẹ mất sớm, Nguyễn Chí Thành và người bạn Trương Bá Ngọc làm ngư dân đánh bắt cá, sinh sống trên sông Hoàng Long.[6] Hai người cùng nuôi chí lớn, đi chu du thiên hạ, lúc thì đăng sơn kích thỏ, khi thì phóng thủy cầu ngư.[7]